В независимом Казахстане одним из первых в 1991 году был образован университет КАЙНАР, как многопрофильное высшее учебное заведение социально- гуманитарной направленности нового типа.

ВУЗ насчитывает в своем составе 4 факультета (психологический факультет, факультет бизнеса и информационных систем, филологический факультет, факультет юриспруденции и международных отношений.

Осуществляя идею непрерывного образования, при университете открыта школа «Бакалавриат» и колледж «Кайнар».

Деятельность университета базируется на положениях Закона РК «Об образовании», рекомендациях Болонской декларации, которая была подписана ректором университета 17 сентября2010 г. о международной стандартизации образования, Уставе университета и конкретных предложениях Ученого совета, являющегося высшим органом управления. Непосредственное руководство осуществляет ректор Е.С.Омаров, опирающийся на Ректорат, в который входят: проректора – Б.К. Калаганов М.А. Перленбетов, З.Б. Мадалиева, С.Б. Омарова и деканы факультетов.

Так как Университет является частным образовательным учреждением, обучение в основном проводится на платной основе с предоставлением гибкой системы скидок за успешную учебу и детям из малоимущих семей, а также на основе государственных грантов и кредитов.

За годы своего существования университет Кайнар пережил немало организационных перестроек, неоднократно отчитывался перед МОН РК о своей деятельности в ходе проверок, совершенствовал учебный процесс в духе реформирования высшего образования в Республике Казахстан.

В свое время успешно работали семь филиалов в городах – Астана, Актобе, Павлодар, Семей, Тараз, Шымкент, Актау. Их возглавляли опытные педагоги и ученые, кандидаты и доктора наук, доценты и профессора В.Н. Ли, К.К. Калдыбаев, А.Н. Кудышев, Л.Н. Маусымбаева, С.С. Жунусбеков, К.А. Курманалиев, Х.О. Карасаева.

В связи с оптимизацией сети высших учебных заведений, проводимой МОН РК, филиалы были закрыты.

Фундаментальные и прикладные исследования в Университете КАЙНАР ведутся на факультетах, на кафедрах, в научно-исследовательском Институтах Казахской цивилизации и истории, Экономических исследований,  а также в центре практической психологии.

С момента образования университета в нем работали, и продолжают работать немало выдающихся ученых и педагогов республики в различных отраслях знаний — это филологи О.А. Айтбаев,  Н.А. Оралбаева, Ш.Ш. Сарыбаев; юристы Е.И. Каиржанов, М.Т. Баймаханов, З.А. Ашитов, экономисты  Я.А. Аубакиров, А.К. Кошанов, А.Д. Сапарбаев, историки Ж.У Ибрашев, К.Ш. Хафизова, К.Н., Т.Х. Тлеуов, философы Ж. Абдильдин, А.Н. Нысанбаев, А.Х. Касымжанов; педагоги и психологии А.К. Ахметов, С.М. Джакупов, Х.Т. Шеръязданова, С.А. Узакбаева и другие гранды науки и педагогики из плеяды замечательных ученых.

Результаты научно-исследовательской и научно-методической работы ППС университета регулярно публикуются в журналах «Вестник» университета КАЙНАР» (с1997 г.) и «Казахская цивилизация» (с2000 г.), а также в материалах международных и республиканских научных конференций, проводящихся университетом ежегодно, в индивидуальных работах ученых университета, публикующихся различных казахстанских и международных изданиях.

Библиотека ВУЗа. Обеспеченность каждого блока дисциплин учебного плана соответствующими учебниками, учебными пособиями, научной, справочной и другой литературой складывается из следующих показателей: общий фонд библиотек на 2010-2011 учебный год составил 253018 печатных единиц учебно-методической, научной, художественной литературы и периодических изданий. Количество основной учебной литературы составляет 33095 экземпляров по каждому профилю специальности, дополнительной литературы (официальные, справочно-библиографические и периодические издания) – 82400 экземпляров, на электронных носителях 16605 наименований.

Преподаватели университета постоянно повышают свою квалификацию за счет учебы в магистратуре, аспирантуре, докторантуре, защищая кандидатские и докторские диссертаций. Ученые ведут активную научно – исследовательскую и методическую работу, регулярно выступают на международных научных конференциях, симпозиумах в Европе, Китае, США, Тайване, Австралии, Турции, Египте, в странах СНГ и других странах.

Устремленность педагогов и ученых университета в науку выразилась в том, что в 1995г. группой активистов была создана Академия естественных наук, объединившая специалистов различных отраслей науки Казахстана и других стран.  Ее президентом является Е.С. Омаров, а главным ученым секретарем В.П. Осипов. Основным инвестором научных проектов Академии выступал университет Кайнар, здесь же размещался  ее президиум. Осенью 2008г.  Академия естественных наук была преобразована в Казахстанскую национальную академию естественных наук. С этого времени обновленный Президиум и рабочие органы КазНАЕН располагаются в столице нашей Родины – г.Астане.

С апреля2000 г. – по апрель2003 г. в университете действовал Диссертационный совет по защите кандидатских диссертаций по специальности 07.00.02. – Отечественная история (История Республики Казахстан). В совете были защищены 24 кандидатские диссертаций. Советом руководили и входили с его состав такие известные ученые историки как К.Н.  Нурпеисов, А.Г. Сармурзин, М.К. Козыбаев, К.Л. Есмагамбетов, К.Ш. Хафизова, Т.Х. Тлеуов, В.И. Коваль и другие исследователи. В 2007-2010гг. при КарГУ им. Е.А. Букетова был создан и функционировал объединенной диссертационный совет. Университет Кайнар в нем представлял д.и.н., профессор Т.Х. Тлеуов.

В связи с острым дефицитом в Республике специалистов, владеющих государственным языком, и для успешной реализации «Закона о языках» РК в Университете открыт факультет казахской филологии. На Ученом Совете утвержден план поэтапной реализации закона «О языках». На кафедрах разрабатываются  учебно-методические пособия на казахском языке, проводится работа по переводу и оформлению учебно-служебной документации на казахский язык, ведется работа по оформлению текстовых материалов, учебных стендов и плакатов на государственном языке. Приказы и другие нормативные документы  издаются на 2-х языках. Для сотрудников и преподавателей в университете работают курсы по изучению государственного языка, организуемые кафедрой казахского языка и литературы.

Учитывая все большую конкуренцию на рынке труда, в университете создан Центр адаптации и трудоустройства. Разработаны положение о центре, тематические планы лекций, семинаров и деловых игр для выпускников всех факультетов. Центром выпущено специальное и учебно-методическое пособие «Адаптация и трудоустройство» с перечнем деловых игр в конкретных ситуациях. Центр участвует во многих мероприятиях, проводимых в республике (съезды промышленников, ассоциации финансистов, ярмарки вакансий, конференции по социальным проблемам), с целью пропаганды, рекламы и рекомендации по приему на работу выпускников университета КАЙНАР. В результате около 90% выпускников университета трудоустраиваются по полученным специальностям, а остальные по другим специальностям. По отзывам руководителей организации, где работают наши выпускники, все они успешно справляются с работой.

За время деятельности университета из его стен вышло более 21000 специалистов. Все они трудоустроены и работают в различных государственных учреждениях и органах правопорядка, находятся на дипломатической службе, преподают в учебных заведениях, занимаются коммерческой деятельностью в отечественных и иностранных банках, фирмах и компаниях. В настоящее время создана и эффективно действует ассоциация выпускников университета Кайнар.