Важным направлением в научной работе университета является проведение и участие преподавателей и магистрантов в научных конференциях, где происходит апробация результатов творческих наработок, обмен мнениями и поиск оптимальных путей решения различных научных проблем. Университет провел десятки местных, региональных, республиканских и международных конференций, а его преподаватели участвовали в сотнях подобных мероприятий. Для примера: 22-24 февраля 2001 г. университет, первым в республике, организовал международную научную конференцию, посвященную десятилетию независимости Казахстана. 2-4 июля 2001 г., состоялась международная конференция по вопросам развития университетского образования и науки, в которой участвовали свыше 150 ученых и педагогов.

  • В 2001 году, 10-19 июля, на 1 конгрессе Глобальной Цивилизации от Казахстана приняли участие два ученых от университета – профессора Омаров Е.С. и Хафизова К.Ш.
  • В преддверии Всемирного саммита по устойчивому развитию (ВСУР) в июне 2002 г. университет провел международную конференцию «Глобализация и проблема устойчивого развития стран Евр-АзЭС».
  • Ректор университета Е.С. Омаров принял участие в международных конференциях, проходивших – на о. Тайвань в 2002 г., где он выступил с докладом «Казахская цивилизация в контексте мировой цивилизации», «ICAS –International Convention of Asia  Scholars» в КНР в августе 2005 г., где он выступил с докладом «Central Asia and Russia». Он же принял участие в 37 Конгрессе востоковедов в г. Москве в 2004 г. и в 2-х конгрессах по Глобальной цивилизации (2001, 2005 гг.).
  • В 2002 г. преподаватель университета Сембаева А.М. выступила с докладом на Всероссийской научно-практической конференции «Образование для 21 века: доступность, эффективность, качество» в Москве.
  • 16-20 июля 2002 г. Синьцзянская Академия общественных наук при поддержке  провинциального правительства провела Международный семинар «Центральная Азия и Китай», в котором приняла участие, профессор, д.и.н. Хафизова К.Ш. 12-16 августа того же года она участвовала в 10 Международной конференции цинских исследований, организованной Ляонинским педагогическим университетом и Первым историческим архивом КНР в г. Далянь, КНР, где выступила с докладом «Султан Тезек и его время». Доклад и тезисы доклада опубликованы в Китае на китайском языке.
  • В 2003 г. профессор факультета информатики, д.ф.-м.н. С.А. Атанбаев принял участие в конференции (г. Новосибирск), посвященной 70-летию академика Лаврентьева М.М. Преподаватель этого же факультета Брискман Б.Г. – в международных конференциях в Афинах (Греция) и Бадачжозе (Испания).
  • В том же, 2003 г., Хафизова К.Ш. участвовала в восьми Международных конференциях, где выступила с докладами по истории и современным международным отношениям, все доклады опубликованы в Материалах соответствующих конференций.
  • 7-8 июля 2003 г в КАЙНАРЕ состоялся «Форум цивилизаций», в рамках которого  была проведена Международная научная конференция «Казахская  цивилизация в контексте мирового исторического процесса». На конференции выступили с докладами ученые РФ (из гг. Москва, Санкт-Петербург), государств Центральной Азии (Узбекистан, Кыргызстан и Казахстан), а также Великобритании, КНР, Македонии, Румынии, США, Франции, Японии и университета Кайнар. Подготовлен одноименный сборник докладов и тезисов  (Алматы, 2003).
  • Преподаватели факультета информатики Комиссаров Ю.А., Зеленев Ю.В. были участниками авторитетного Менделеевского съезда в Казани, 21-26 сентября 2003 г.
  • 31 июля 2003 г.  Комитет по управлению архивами и документацией Министерства  культуры Республики Казахстан провел республиканский семинар на тему: «Актуальные вопросы сохранения и пополнения национального архивного фонда Республики Казахстан в свете задач, определенных в Послании Президента народу Казахстана», на котором выступила Хафизова К.Ш. с сообщением «О китайских архивах».
  • 31 марта – 2 апреля 2004 г. Университет КАЙНАР  совместно с  французским  партнером Институтом СЕДИМЕС Университета Париж-XII организовал Международную конференцию «Взаимодействие цивилизаций Запада и Востока», на Пленарном заседании которой с докладами выступили: О.А. Айтбаев, А.Н. Нысанбаев, Е.И. Каиржанов, Е.С. Омаров и другие.
  • 23-24 января 2004 г. в г. Астане Центром геополитических исследований при Казахстанско-Российском гуманитарном университете была организована научно-практическая конференция, открывающая год России в Казахстане, «Казахско-российское взаимодействие в ХХ веке и вызовы глобализации», где с докладами выступили профессора университета Хафизова К.Ш. и Кукеева Ф.Т. В организации и проведении конференции приняли участие: Сенат Парламента РК, Министерство образования и науки РК, Посольство РФ в РК, Современная гуманитарная Академия РФ, Казахстанско-Российский гуманитарный университет, ведущие политики и ученые России, Казахстана, Узбекистана.
  • Ректор университета Омаров Е.С. выступил с докладом «Казахская цивилизация как часть Евразийской» на Международном Конгрессе Востоковедов ICANAS-37, проводившемся 16-21 августа 2004 г. в г. Москве, в котором принимали участие востоковеды многих стран мира. З.М. Базарбаева, д.ф.н., в 2004 г. в г. Туркестане приняла участие во втором конгрессе тюркологов.
  • В конференциях за рубежом в 2004 г. принимали участие Кукеева Ф.Т. (Пекин, КНР); Хафизова К.Ш. (Москва, РФ; Тегеран,  Исламская Республика Иран; Киев, Украина). Тусеева М.Х., д.э.н., дважды участвовала в конференциях в Кыргызстане: на Иссык-Кульской международной конференции и Субрегиональном семинаре на тему «Прозрачность, подотчетность и антикоррупционные меры», Бишкек, 15-19 ноября 2004 г. Кроме того, в международных конференциях и семинарах, проводимых в городах Казахстана, участвовали: факультет информатики – Атанбаев С.А., Акназарова Р.Б., Амиргалиев Е.Н., Табултаев С.С.; факультет МО – Ибрашев Ж.О., Бурнашов И.Л.; факультет психологии – Елисеев С.Г., Гребенников В.М., Комекбаева Л.К.
  • В 2002-2005 гг. ректор Университета КАЙНАР прочитал лекции и доклады по истории казахской цивилизации: для докторантов университета Париж-2 (Сорбонна), в вузах Румынии, Египта, КНР (Шанхай), Москвы и Санкт-Петербурга. В 2005 г. в Риме с докладом выступил первый проректор Е.И. Каиржанов. В том же году на конференции в Урумчи выступила с докладом декан экономического факультета Тлеубердина К.А., в Автралии – доцент факультета ПиП Кустубаева А.М.
  • 30-31 марта 2005 г. университет провел Республиканскую научную конференцию «Конституция и цивилизационные процессы в Казахстане», на которой с докладами и сообщениями выступили 35 человек, из них 10 ученых, аспирантов и соискателей представляли университет Кайнар.
  • 5-9 июля 2005 г. университет совместно с ЮНЕСКО и Международным институтом СЕДИМЕС (Франция) провел традиционный симпозиум ученых под названием «Форум цивилизаций», в рамках которого состоялась Международная конференция «Цивилизации человечества: история и современность». Наряду с представителями университета Кайнар  (26 докладов и сообщений), выступили ученые из Франции, России, Португалии, Польши, Турции, Китая, Греции, Румынии, Хорватии, Кыргызстана и других стран, а также 12 вузов Казахстана. С приветственным словом и докладом на «Форуме» выступил представитель ООН в Казахстане В.В. Поляков. По итогам этой конференции изданы в двух частях ее материалы.
  • В 2008 г. состоялась крупная международная научная конференция по теме: «Современная цивилизация и проблемы повышения конкурентно способности национального государства». Помимо ученых Казахстана из университета Кайнар, Института философии и политологии МОН РК, в ней приняли участие представители Международного университета «Дубна» (Москва), Международного института экономики СЕДИМЕС (Париж), Международного университета Киргизстана (Бишкек), из других стран и регионов. Всего было заслушано свыше 90 докладов и сообщений что явилось важным вкладом в разработку проблемы.
  • Другим важным мероприятием стало проведение круглого стола о полномочиях первого президента РК Н.А. Назарбаева, проведенного 14 января 2011 г. университетом и Институтом философии и политологии МОН РК. Таким образом, ученые университета активно участвуют в изучении как сугубо научных проблем ретроспективного свойства, так и живо откликаются на современные политические реалии.                                                                                                               Ректор университета Е.С. Омаров за научные достижения в области исследования казахской цивилизации был отмечен Международным научным сообществом и принят в Географическое общество Португалии.